Марафон проводится в один тур, в ходе которого школьники соревнуются со своими сверстниками из общеобразовательных организаций в личном первенстве. Задания Марафона охватывают следующие предметы: математика, русский язык, окружающий мир и носят как предметный, так и межпредметный характер.